真菌毒素如果預防及控制真菌毒素對糧食的污染通常是一個具有連續效應的過程，霉菌在田間開始侵染，隨后在收獲、干燥和儲藏過程中逐步增加，因此，糧食中真菌毒素的預防控制包括產前防控和產后削減的聯合控制，即糧食在田間和儲藏過程中真菌毒素的控制: 建立真菌毒素污染的監測預警機制、高效清除及安全處置。真菌毒素可以通過抑制產真菌生長以及抑制毒素生物合成來控制，產前防控包括抗逆育種、田間管理、生物與化學農藥的使用等，產后削減包括改進干燥和儲存條件、使用生物或化學試劑等。
目前，有關通過常規育種和轉基因育種培育出抗真菌品種的研究報道很多，美國研究者通過常規選育的技術培育出抗黃曲霉菌的玉米新品系:MP715、MP717。中國的小麥種質在世界范圍內正被用于抗病育種，中國和加拿大通過育種技術已培育出抗禾谷鐮孢菌的品系。通過轉基因育種增強作物抗真菌能力的研究也較多，將編碼乙酰轉移酶的基因Tri101轉入大麥中，可將DON轉化為低毒性的乙酰化形式。
通過良好的田間管理來抑制真菌毒素的產生被認為是最有效的真菌毒素防控策略。真菌一般容易在植物體受傷位置繁殖生長，所以防止植物體的機械損傷或害蟲損傷能很大程度上減少真菌毒素的污染。同時，良好田間操作也可減少真菌毒素的污染。殺真菌劑與殺蟲劑是傳統的防控真菌毒素污染的方法，應用的種類很多，但這些化學試劑受限于本身的毒性殘留和產生耐藥性的問題，目前，研究者開展了生物技術防控真菌毒素的策略。在田間試驗，出芽短梗霉( Aureobasidium pullulans) 菌株能夠有效防碳黑曲霉( Aspergillus carbonarius) ，減輕該菌引起的葡萄腐爛和降低葡萄酒中OTA 含量。玉米抽穗時，在空氣中施用非產毒黃曲霉，利用非產毒黃曲霉菌株可競爭抑制產毒菌株，即在田間播撒不能產生毒素的黃曲霉，使其與田間產毒素的黃曲霉進行生存競爭，與對照組相比，黃曲霉毒素消除的比例為85%。
糧食中真菌毒素的產后防控策略主要是采用不同的處理方法將真菌毒素高效、安全的清除，主要方法包括物理化學方法、生物防霉、降解技術及加工過程中真菌毒素的削減等。對于真菌毒素的清除，目前國內外較為普遍的方法主要有物理去除及吸附、化學處理等。對已經污染真菌毒素谷物的物理、化學處理方法主要有: 沖洗和漂洗、熱處理、離子輻射、無機吸附、化學試劑的處理及臭氧氧化等。在中性和室溫條件下，強氧化劑臭氧能夠在很短時間內抑制絲狀真菌繁殖和降解多種真菌毒素，保證食物與飼料的營養與品質，且無殘留，但臭氧的應用受限于真菌的種類，生長階段，應用濃度等因素。
然而，許多物理化學脫毒方法都被嘗試，但是，脫毒效率并沒有預期的高，且改變了食品的品質，造成營養物質的流失。值得注意的是，歐盟不允許在食品生產過程中應用化學方法消除真菌毒素。此外，一些方法處理的副產物毒性更強，且無法大規模應用。尋求安全高效的低成本方法有待進一步探索。因此，微生物或酶制劑的降解為成功控制真菌毒素的污染提供了新的思路。目前，國內外有關真菌毒素生物降解的研究正成為熱點。生物降解不僅可以高效將毒素轉化為無毒產物、環保安全，而且生物酶催化方法專一性強、轉化效率高。
另外，真菌毒素在食物鏈條中的傳遞變化與削減技術也是目前研究的熱點，在糧食加工過程中，真菌毒素在糧食顆粒中或其他農產品果實中分布不均勻，如干果或堅果的外殼、糧食的種皮、以及糧食顆粒中水分含量高，胚芽等部分真菌毒素含量高，可采用脫殼食用、剝皮制粉等方法去除真菌毒素。
